GARD-IT beta
GARD-IT - система мониторинга антибиотикорезистентности России, которая содержит набор инструментов для анализа и визуализации данных о чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам.
Система основана на данных, полученных НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) совместно с Межрегиональной ассоциацией по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ). На данном этапе в систему включена информация о чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам из 52 городов Российской Федерации с 1997 по 2015 гг.

Максимум:

Минимум:

Значимость различий процента чувствительных / резистентных и умеренно резистентных (Р+УР) изолятов между отдельными периодами

Всего попарных отличий:

Точка(и) наблюдения с максимальным количеством отличий:

При наличии резистентности/чувствительности к АМП, представленному в таблице, средняя вероятность наличия резистентности/чувствительности хотя бы к одному из остальных АМП, представленных в таблице, отражена в столбце №3.

Максимум:

Минимум:

- Линии графа соединяют различные АМП.

- В свою очередь толщина линий пропорциональнна количеству устойчивых/чувствительных штаммов одновременно к двум АМП, которые соединены данной линией.

- Параметр 'Отрисовывать процент больше чем' позволяет скрыть линии, значение процента которых меньше указанного.

- Параметр 'Отрисовывать ДИ меньше чем' позволяет скрыть линии, у которых значение ширины 95% ДИ больше указанного (т.е. линии с потенциально 'большим разбросом' процента устойчивых/чувствительных штаммов).

Общая информация


На протяжении последних лет во всем мире отмечается значительный рост устойчивости возбудителей внебольничных и нозокомиальных инфекций к антимикробным препаратам (АМП). Возникновение антимикробной резистентности является естественным биологическим ответом на использование АМП, которые создают селективное давление, способствующее отбору, выживанию и размножению резистентных штаммов микроорганизмов.

Анализ данных резистентности микроорганизмов к АМП является необходимым для выбора стратегии лечения любых инфекционных заболеваний и проводится на разных уровнях: международном, национальном, региональном и локальном. Прежде всего, необходимо учитывать глобальные тенденции развития резистентности. Примерами микроорганизмов, которые во всем мире представляют особую проблему с точки зрения роста резистентности, являются представители так называемой группы ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa и Enterobacter spp.). Однако, в различных странах, регионах и стационарах ЛПУ чувствительность к антибиотикам перечисленных видов бактерий может существенно отличаться, и в роли «проблемных» возбудителей могут выступать другие виды микроорганизмов. В связи с этим, политика антимикробной терапии должна также учитывать региональные и локальные особенности распространения резистентности, особенно в такой большой стране, как Российская Федерация.

Данная система представляет собой набор инструментов анализа и визуализации данных, позволяющих осуществлять мониторинг антибиотикорезистентности. Работа над данной системой началась в 2015 году. В настоящее время анализ выполняется на данных, полученных в ходе многоцентровых исследований, проводимых на базе НИИ антимикробной химиотерапии совместно с Межрегиональной ассоциацией по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии. На данном этапе в систему включена информация из 52 городов Российской Федерации с 1997 по 2015 гг.

Данная система будет полезна для:

  • специалистов практического здравоохранения;
  • микробиологов;
  • эпидемиологов и специалистов в области моделирования эпидемиологических процессов;
  • лиц, занятых в сфере организации здравоохранения и санитарно-эпидемиологической службе, принимающих управленческие решения.

Система поможет специалистам решать следующие задачи:

  • моделирования будущих тенденций развития резистентности;
  • определения чувствительности микроорганизмов и выявления потребностей в разработке новых антибиотиков;
  • составления клинических рекомендаций;
  • выявления значимых клинических изолятов;
  • сравнения активности новых антибиотиков до и после получения одобрения надзорных органов.

Доступ к системе


Система представляет собой кроссплатформенное веб-приложение, расположенное по адресу http://map.gard-it.ru. Перейдя по указанной ссылке пользователь попадает на главную страницу приложения:

img1

В верхней части экрана расположены навигационные вкладки (ниже на рис. обведены красным), переключаясь между которыми, пользователь может выбрать интересующий раздел приложения:

img2

На вкладке Главная пользователю доступна возможность активации мобильной версии приложения, которая оптимизирует работу на устройствах Android и iOS. Для дальнейшей работы с приложением пользователю необходимо определить свой уровень доступа.

Приложение предоставляет пользователям два уровня доступа:

  • общий доступ;
  • привилегированный доступ (данные для доступа рассылаются персонально участникам проекта).

Уровень доступа пользователя определяет его возможности при работе с приложением. Все пользователи по умолчанию имеют общий уровень доступа. Пользователи с привилегированным уровнем доступа имеют возможность просматривать дополнительные показатели внутри города, в остальном возможности пользователей с привилегированным и общим доступом совпадают. Пользователям, не имеющим привилегированного доступа, следует пропустить шаги, описанные ниже и перейти к интересующим вкладкам приложения.

Для входа в приложение с привилегированными правами доступа необходимо на вкладке Главная нажать кнопку Войти (ниже на рис. обведена красным цветом).

img3

После этого действия появится всплывающее окно Привилегированный доступ, где пользователю необходимо ввести Имя пользователя и Пароль, а затем нажать кнопку Принять (ниже на рис. обведена красным цветом).

img4

В случае успешного входа и получения привилегированного доступа приложение сообщит об этом пользователю. Чтобы выйти из открывшегося окна регистрации необходимо нажать Закрыть (ниже на рис. обведена красным цветом).

img5

После закрытия всплывающего окна Привилегированный доступ пользователь попадает на вкладку Главная, где, в случае успешного входа и получения привилегированного доступа, отображается сообщение и появляется кнопка Выйти (см. рис. ниже). Чтобы пользователю с привилегированным доступом выйти из приложения и получить права общего доступа необходимо на вкладке Главная нажать кнопку Выйти (на рис. ниже обведена красным).

img6

После получения прав привилегированного доступа/общего доступа, можно переходить к интересующим вкладкам приложения и приступать к анализу данных.

Анализ данных


Приложение позволяет проводить анализ данных чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Аналитические модули расположены на вкладке приложения Основная информация. Чтобы перейти на данную вкладку, необходимо в верхней части экрана нажать Основная информация. (ниже на рис. отмечено красным).

img7

После этого, откроется вкладка Основная информация, в которой условно можно выделить две составляющих:

  1. поле параметров;
  2. поле инфографики.

Ниже на рисунке представлен общий вид вкладки Основная информация.

img8

Поле параметров

Данное поле предназначено для выбора интересующих пользователя параметров и управления анализом. Следует отметить, что выбор параметров осуществляется последовательно от 1 до 14, т.к. параметры зависимы друг от друга. Поле параметров включает в себя следующие составляющие, описанные ниже.

  1. Группа инфекций - параметр, определяющий одну из трех групп инфекционных заболеваний (нозокомиальные / внебольничные / все).

  2. Федеральный округ - параметр, определяющий выбор федерального(ых) округа(ов) Российской Федерации, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все Федеральные округа. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных).

  3. Область/край/республика - параметр, определяющий выбор соответствующего субъекта(ов) Российской Федерации, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все области/края/республики. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 2. Федеральный округ.

  4. Город - параметр, определяющий выбор интересующего(их) города(ов) Российской Федерации, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все города. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 3. Область/край/республика.

  5. ЛПУ - параметр, определяющий выбор интересующего(их) ЛПУ, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все ЛПУ. Данный параметр напрямую зависит от параметра 4. Город. ВНИМАНИЕ, данный параметр доступен только для привилегированных пользователей.

  6. Профиль отделения - параметр выбора интересующего пользователя профиля отделения, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все отделения. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 5. ЛПУ, в случае пользователя с привилегированным доступом, или от параметра 4. Город, в случае пользователя с общими правами доступа.

  7. Локализация инфекции - параметр, определяющий выбор интересующей(их) локализации(ий) инфекции, информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все варианты доступных локализаций инфекций. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 6. профиль отделения.

  8. Возраст пациента, лет - параметр, задающий диапазон значений возраста пациентов (от которых были получены образцы для исследования) в формате от… до…, информация по которым будет проанализирована.

  9. Период - параметр, задающий временной интервал проведения проспективных исследований по мониторингу антибиотикорезистентности (в годах), информация по которым будет проанализирована.

  10. Группа микроорганизмов - параметр, определяющий выбор интересующей(их) группы микроорганизмов, информация по которой(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все группы микроорганизмов. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 7. Локализация инфекции.

  11. Микроорганизм - параметр, определяющий выбор интересующего(их) микроорганизма(ов), информация по которому(ым) будет проанализирована (значение по умолчанию Все). Доступен как множественный выбор, так и одиночный выбор, при этом, выбирая в списке пункт Все, отпадает необходимость физически выбирать все микроорганизмы. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 10. Группа микроорганизмов.

  12. АМП - параметр, определяющий выбор интересующего антимикробного препарата (АМП), информация по которому будет проанализирована. Доступен текстовый поиск (просто начните печатать в строке ввода данных). Данный параметр напрямую зависит от параметра 11. Микроорганизм.

  13. Ширина 95% ДИ - числовой параметр, изменяющийся от 0% до 100%. ВНИМАНИЕ, изменение данного параметра может привести к изменению результатов. Регулируя данный параметр пользователь может отображать данные с “низким потенциальным разбросом” (“высокой достоверностью”). Чем меньше числовое значение данного параметра, тем ниже “потенциальный разброс” (“выше достоверность”). Пример работы с данным параметром будет приведен ниже.

    Авторы данного руководства осознают некорректность терминов “высокая достоверность”, “низкая достоверность” и оправдывают употребление данных “терминов” желанием пояснить работу данного параметра. Для ознакомления с понятием доверительный интервал перейдите по ссылке.

  14. Отображение - параметр, регулирующий формат представления графической информации в поле инфографики. Пользователю предлагается два варианта отображения Р/УР/Ч и Ч/Р+УР.

  • Формат отображения Р/УР/Ч обозначает три категории активности изучаемого препарата по отношению к изучаемому микроорганизму, где:

    • Ч (англ. вариант: S - “susceptible”) - чувствительные микроорганизмы. В поле инфографики показатели, характеризующие доли чувствительных микроорганизмов, отображены зеленым цветом.
    • УР (англ. вариант: I - “intermediate”) - микроорганизмы с умеренной резистентностью. В поле инфографики показатели, характеризующие доли микроорганизмов с умеренной резистентностью, отображены желтым цветом.
    • Р (англ. вариант: R - “resistant”) - резистентные микроорганизмы. В поле инфографики показатели характеризующие доли резистентных микроорганизмов отображены красным цветом.
  • Формат отображения Ч/Р+УР несет в себе туже информацию, что и формат Р/УР/Ч, однако здесь категории УР и Р объединены в одну категорию Р+УР. Таким образом, данный формат отображаения представлен двумя категориями:

    • Ч - чувствительные микроорганизмы. В поле инфографики показатели, характеризующие доли чувствительных микроорганизмов, отображены зеленым цветом.
    • Р+УР - резистентные и умеренно резистентные микроорганизмы. В поле инфографики показатели характеризующие доли резистентных и умеренно резистентных микроорганизмов отображены красным цветом.
  1. Кнопка Отобразить ТОП 10 становится доступна при заполнении параметров 1-7. Нажатие данной кнопки приводит к построению в поле инфографики на вкладках Топ 10 микроорг. и Топ 10 групп гистограмм частот выделения микроорганизмов и групп микроорганизмов для выбранных параметров 1-7.

  2. Кнопка Отобразить становится доступна при заполнении параметров 1-14. Нажатие данной кнопки приводит к построению в поле инфографики на всех остальных вкладках соответствующих графиков.

  3. Кнопка Скачать MS Word становится доступной при заполнении параметров 1-14. Нажатие данной кнопки приводит к формированию и скачиванию отчета по выбранным параметрам.

Таким образом, регулируя описанные выше параметры, пользователь отображает графическую информацию в поле инфографики. Следует отметить, что информация по вновь выбранным параметрам отобразится при нажатии кнопок Отобразить ТОП 10 и Отобразить.

Поле инфографики и интерпретация анализа данных

Подготовка к анализу данных

Данное поле предназначено для отображения графической информации. Для лучшего понимания принципов работы и интерпретации поля инфографики рассмотрим пример.

Приступая к анализу данных в приложении пользователю прежде всего необходимо сформулировать задачу (вопрос). Для примера сформулируем следующую задачу:

Определить чувствительность к различным антимикробным препаратам микроорганизмов и группы микроорганизмов, которые наиболее часто, согласно данным приложения, были выделены при Нозокомиальных инфекциях во Всех федеральных округах, Всех краях/областях/республиках, Всех городах, Всех ЛПУ, Всех отделениях, Всех локализациях инфекционного процесса, при возрасте исследуемой группы от 0 до 104 лет, за период с 1997 по 2015 гг.

Рассмотрим пошагово выбор данных параметров.

  1. Выбор группы инфекций (указано красной стрелкой).

    choos1

  2. Выбор Всех федеральных округов (для того, чтобы не выбирать физически все доступные федеральные округа, выберем пункт Все из выпадающего списка, который появляется при нажатии на поле 2. Федеральный округ).

    choose2

  3. Выбор Всех областей/краев/республик (для того, чтобы не выбирать физически все области/края/республики, выберем пункт Все из выпадающего списка, который появляется при нажатии на поле 3. Область/Край/республика).

    choose3

  4. Аналогично выбираем Все города в поле 4. Город.

    choose4

  5. Выбор в поле 5. ЛПУ имеет свои особенности: т.к. выбор в данном поле доступен только для привилегированных пользователей, пользователи с общими правами доступа не могут использовать данное поле, и значение Все выбрано по умолчанию.